Normalmente se puede ejecutar jslint con la ayuda de Rhino u otros intérpretes javascript sin demasiados problemas tal que así:

$ rhino ~/bin/jslint.js fichero.js

Lo complicado es cuando tenemos el javascript dentro de html. Me he hecho un mini snippet para poder hacerlo al vuelo sin necesidad de copiar el cacho de javascript en un fichero externo:

$ cat index.html | python -c "import re, sys; print '\n'.join(re.findall(r'\(.*?)\<\/script\>', sys.stdin.read(), re.DOTALL))" > tmp.js; rhino ~/bin/jslint.js tmp.js; rm tmp.js

Seguramente se pueda hacer con sed o awk pero soy muy torpe con ambos dos.