Cuando vas a clonar una máquina de VirtualBox en tu mismo equipo, lo natural es copiar el vdi y crear una máquina que use ese disco,no? Pues esto no funciona por el UUID del disco duro. La solución es la siguiente:

1. Copiar el .vdi:
1. cp origen.vdi destino.vdi
2. Crearle una UUID nueva al disco:
1. VBoxManage internalcommands setvdiuuid destino.vdi

Y con esto ya tendremos nuestro vdi con una nueva UUID, por lo que ya podremos crear la nueva máquina virtual.

Saludos